En los albores del universo, el Honkai surgió como una fuerza cósmica de entropía que se oponía al florecimiento de civilizaciones humanas avanzadas. Cada vez que la humanidad alcanzaba un punto crítico de desarrollo, el Honkai despertaba, encarnándose en desastres naturales, bestias irracionales y eventualmente en entidades conscientes conocidas como Herrschers. Esta fuerza parecía regida por una voluntad superior, abstracta e incomprensible para los humanos, cuyo único objetivo era la erradicación de la civilización. Así, se inició un ciclo constante: avance humano, intervención del Honkai, colapso y reinicio.
En una era perdida en la historia, existió una civilización humana mucho más avanzada que la actual, tanto tecnológica como evolutivamente. En ese tiempo, el Honkai también despertó y arrasó con su mundo a través de múltiples manifestaciones, entre ellas los trece Herrschers, cada uno encarnando un aspecto diferente del poder destructivo del Honkai. Para enfrentarlos, surgió la organización MOTH, una coalición de los últimos sobrevivientes de esa era. Entre sus miembros se encontraron individuos que serían conocidos como los Flame-Chasers, seres modificados genéticamente a través del Proyecto MANTIS, quienes lucharon valientemente en un intento desesperado por resistir el avance del enemigo.
Elysia, Kevin, Su, Vill-V y otros combatientes se enfrentaron uno a uno a los Herrschers, muchos de los cuales eran antiguos aliados, conocidos o incluso seres humanos comunes corrompidos por la voluntad del Honkai. Uno a uno, los Flame-Chasers cayeron, sacrificándolo todo para preservar lo poco que quedaba. Al final, Kevin, quien había sido el más poderoso de todos, decidió activar el Proyecto Arca, un plan para preservar la vida humana congelando embriones y enviándolos fuera del planeta hasta que el Honkai desapareciera o pudiera ser contenido. Con el sacrificio de todos sus compañeros y la caída final del 13° Herrscher, el mundo quedó en ruinas, pero la semilla de la humanidad sobrevivió, escondida en el tiempo.
Con el paso de los milenios, el planeta comenzó a sanarse, y surgió una nueva civilización humana, completamente ignorante del ciclo anterior. En este nuevo mundo, el Honkai permaneció dormido durante siglos, hasta que volvió a activarse con el renacimiento tecnológico de la humanidad moderna. Pronto comenzaron a aparecer anomalías: brotes de energía desconocida, desastres inexplicables y humanos que desarrollaban poderes extraordinarios. El Honkai estaba despertando de nuevo.
En este contexto, Otto Apocalipsis, un noble de la era medieval, fundó la organización Schicksal tras descubrir rastros del Honkai y su conexión con la tragedia humana. Con conocimientos heredados de textos prohibidos, Otto buscaba entender y controlar esta fuerza para alcanzar su propio objetivo: revivir a Kallen Kaslana, su amor perdido. Mientras tanto, científicos más pragmáticos que alguna vez trabajaron con Schicksal se rebelaron contra su visión y fundaron Anti-Entropy, una facción disidente que buscaba combatir el Honkai a través de la ciencia y la razón, y no mediante la fe ni los rituales.
A lo largo de las décadas, ambas organizaciones acumularon poder y desarrollaron tecnologías increíbles: mechas, clones, núcleos de Herrscher sellados y experimentos con la estructura genética de los antiguos MANTIS. Entre los proyectos más relevantes se encontró la clonación de una niña llamada Kiana Kaslana, una réplica genética con el potencial de albergar el núcleo del Herrscher del Vacío, el más poderoso de todos los Herrschers antiguos. Otto pretendía usarla como receptáculo para recrear una versión divina de Kallen. Esta decisión, tomada con cálculos fríos, desató una cadena de eventos que marcaría el destino del mundo.
Con el pasar de los años, el Honkai fue manifestándose en diversas formas alrededor del mundo. Las organizaciones que habían surgido en secreto, como Schicksal y Anti-Entropy, comenzaron a actuar activamente para contener estos brotes. El Honkai estaba despertando de nuevo.
En este tiempo incierto apareció una silueta cayendo desde el cielo, provocando un gran estruendor alrededor.